Искон. Из др.-рус. ковычька «крюковый знак» (после падения редуцированных и закрепления аканья на письме), суф. уменьшит.-ласкат. производного от ковыка (ср. закавыка) «помеха, препятствие», как полагают, того же корня (ку — ков), что и др.-рус. кукый «кривой» (ср. куконосый «кривоносый»), лит. kaũkas «выпуклость» и т. д.
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа.
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва.
2004.