Искон. Объясняется по-разному. Очевидно, все-таки является суф. производным от той же основы, что морох «морос» (ср. моросить), укр. мороква < *morocha «болото». Родственно сущ. море. Ягода получила название по месту произрастания. Ср. нем. Moosbeere «клюква» (буквально — «болотная ягода»).
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа.
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва.
2004.