Искон. В рус. лит. яз. пришло в XIX в. из профессионального употребления счетоводов. Образовано суф.-преф. способом от кость «костяшка на счетах». Скостить буквально — «сбросить» (какое-л. количество единиц со счетов).
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа.
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва.
2004.