Этимология предлагает два варианта образования этого слова. Первый предполагает, что в исходном варианте это слово имело вид Коротопуз от коротый и пузо, а современное произношение и написание связано с развитием аканья. Согласно второму варианту, слово карапуз является заимствованием из тюркских языков, где значение слова карпуз ("арбуз") указывает на то, как шло переосмысление этого слова – "круглый и толстый, как арбуз".
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.