Это название помещения, в котором обитает монах, заимствовано из старославянского, который в свою очередь заимствовал из греческого, где kefla – "комната, чулан", восходит к той же основе, что и латинское cella с тем же значением. В английском находим родственное cell – "камера (тюремная), келья".
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.