Это субстантивированное (ставшее существительным) прилагательное пошло от выражения подноготная тайна, а выражению этому дал название особый род пытки, применявшийся для выведывания истины у подозреваемого, которому загоняли острые предметы под ногти. Близкое по смыслу слово – подлинный.
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.