Это слово, заимствованное их старославянского, восходит к греческому (sabbaton), заимствованному из древнееврейского. Любопытно, что это слово имеет тот же корень, что и шабаш. Хотя в иудаизме суббота – день отдыха, но средневековыми христианами иудейские традиции воспринимались как нечто чуждое, отсюда, видимо, переход значения: шабаш – "сборище ведьм".
Этимологический словарь русского языка. — СПб.: ООО "Виктория плюс". Крылов Г. А.. 2004.