1) Общая лексика: ведомство по реализации программы, выполняющее ведомство, учреждение по реализации программы
2) Военный термин: исполнительный орган
3) ЕБРР: учреждение-исполнитель, организация-исполнитель
Универсальный англо-русский словарь. Академик.ру. 2011.