глубиной и глубиной в (чаще употребляется беспредложная конструкция). Колодец глубиной 12 метров (глубиной в 12 метров). Ср.: Батискаф находился на глубине 750 метров. При отсутствии числительного употребляется предложная конструкция: Яма глубиной в метр.
Пунктуация и управление в русском языке. Д.Э. Розенталь.