чем, кем-чем, над кем-чем.
1. чем (быть командиром чего-л.). Командовать полком. Командовать парадом (войсками на параде). Противотанковая батарея, в которой сержант Иван Наумов командовал орудием, находилась в арьергарде (Б. Полевой).
2. кем-чем и над кем-чем (приказывать, распоряжаться). [Вологдина] встречала суда, командовала выгрузкой рыбы, отдавала распоряжения уходящим в море рыбакам (Чаковский). Не хочу, чтоб надо мной мужчина командовал (А. Н. Островский).
3. над чем (господствовать на высоте, быть выше других пунктов окружающей местности). К востоку... находится гора Инда, командующая над всеми сопками этой части прибрежного района (Арсеньев).
Пунктуация и управление в русском языке. Д.Э. Розенталь.