с, центр Нюксенского р-на. Село именовано по левому притоку Сухоны. Этимология гидронима Нюксеница неясна. В XVII в. селение значилось под тремя названиями: «...д. Петрушинская, Попадьино, Нюксеница то ж на р. Сухоне, а в ней Федка Микитин Лукинский, Анисимко Андреев Березин, Кузька Васильев Бакланов...» (ПК Уст 1656, л. 475). В Списках селений середины XIX в. (377) приводится одно: «...д. казенная Нюксеница, 47 дворов». В августе 1931 г. по решению ВЦИК СССР Кокшеньгский р-н был объединен с Сухонским. Укрупненному району дано название Нкжсенский; Нюксеница стало районным центром (Угрюмое, 158).
Географические названия Вологодской области: Топонимический словарь. — Архангельск: Северо-Западное книжное издательство. Ю.И. Чайкина . 1988.